L’IA aide les scientifiques à découvrir de nouveaux virus : voici pourquoi c’est important

Une nouvelle façon de voir les mots « virus informatique ».

Les virus sont partout autour de nous, et nous n’avons pas encore classé ne serait-ce qu’une fraction de cette population énorme et diverse. Les minuscules organismes qui ne peuvent survivre qu’à l’intérieur d’un hôte vivant peuvent faire des ravages sur notre corps, mais ce n’est pas la seule raison pour laquelle les chercheurs sont si attirés par eux. Nous savons maintenant que les virus pourraient jouer un rôle dans des « maladies non virales » comme la cirrhose du foie, ou même le syndrome de fatigue chronique et les maladies inflammatoires de l’intestin – mais nous ne savons toujours pas comment.

Pour y parvenir, nous avons besoin de l’apprentissage machine.

Comme les virus ne peuvent pas être cultivés en laboratoire, les scientifiques ont toujours cherché de nouvelles espèces en échantillonnant divers milieux (y compris les voitures de métro et les réseaux d’égouts). Mais la sélection d’un seul microbe de la saleté est un processus lent qui rend difficile pour les chercheurs de comprendre le comportement des virus qui évoluent rapidement.

C’est là que l’IA entre en jeu. L’apprentissage automatique est une forme d’intelligence artificielle utilisée pour identifier des modèles complexes – l’algorithme est formé par l’intermédiaire d’un pool de données avant de devenir autonome, et peut être utilisé pour analyser des ensembles de données génomiques massifs à la recherche de nouveaux virus.

Par exemple, Nature rapporte que, le bioinformaticien Deyvid Amgarten, qui travaille à l’Université de São Paulo au Brésil, a utilisé l’apprentissage machine pour identifier les génomes de virus cachés dans les tas de compost du zoo de la ville. Il a dit à Nature qu’il utilisera ses découvertes pour apprendre comment les virus peuvent aider à décomposer la matière organique et à rendre le compostage plus efficace.

Son travail s’inspire d’un outil construit par Jie Ren. Ren, biologiste informaticien à l’Université de Californie du Sud à Los Angeles, a utilisé son algorithme pour examiner et comparer des échantillons de selles de personnes atteintes de cirrhose du foie et de personnes en bonne santé. Son équipe a découvert que certains virus étaient plus courants chez les personnes en bonne santé que chez les personnes atteintes de cirrhose, un indice que les virus pourraient jouer un rôle dans la maladie.

Selon Nature, des découvertes comme celle de Ren laissent les scientifiques se demander si les virus pourraient aussi influencer des maladies insaisissables comme le syndrome de fatigue chronique et les maladies inflammatoires de l’intestin, dont on estime qu’elles touchent environ trois millions d’adultes aux États-Unis seulement. L’immunologiste Derya Unutmaz, qui travaille au Jackson Laboratory for Genomic Medicine à Farmington, Connecticut, fait écho à ces spéculations, observant que les virus peuvent être la source de réactions inflammatoires qui pourraient nuire à notre métabolisme et notre système immunitaire.

Qu’il s’agisse d’identifier le rôle des virus dans les maladies non virales ou d’apparier les virus à des familles spécifiques de bactéries pour combattre la résistance aux médicaments, l‘intelligence artificielle peut révolutionner notre façon de naviguer dans le paysage largement inexploré de ces microbes qui jouent un rôle si important dans notre vie.

Via Futurism

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