Pourquoi certaines personnes infectées par le virus SRAS-COV-2 se sentent-elles bien, alors que d’autres – même celles qui sont en bonne santé et relativement jeunes – tombent très malades ?

Le virus COVID-19, causé par le nouveau coronavirus pandémique, est étrangement et tragiquement sélectif. Seules quelques personnes infectées tombent malades et, bien que la plupart des personnes gravement malades soient âgées ou souffrent de problèmes compliqués comme les maladies cardiaques, certaines personnes tuées par la maladie sont en bonne santé et même relativement jeunes. Les chercheurs se préparent maintenant à parcourir le génome des patients à la recherche de variations de l’ADN qui expliquent ce mystère. Les résultats pourraient être utilisés pour identifier les personnes les plus exposées à une maladie grave et celles qui pourraient être protégées, et ils pourraient également orienter la recherche de nouveaux traitements.

Les projets vont des études en cours avec l’ADN de plusieurs milliers de participants, dont certains sont maintenant infectés par le coronavirus, aux nouveaux efforts qui consistent à recueillir l’ADN de patients atteints de COVID-19 dans des endroits durement touchés comme l’Italie. L’objectif est de comparer l’ADN des personnes qui ont des cas graves de COVID-19 (qui signifie maladie à coronavirus 2019) – mais pas de maladie sous-jacente comme le diabète, une maladie cardiaque ou pulmonaire – avec ceux qui ont une maladie légère ou pas de maladie du tout. « Nous constatons d’énormes différences dans les résultats cliniques et entre les pays. La question de savoir dans quelle mesure cela s’explique par la susceptibilité génétique est très ouverte », déclare la généticienne Andrea Ganna de l’Institut de médecine moléculaire de l’Université d’Helsinki en Finlande (FIMM).

Selon certains chercheurs, il est difficile de prédire ce qui sortira de ces chasses aux gènes. Mais il existe des suspects évidents, comme le gène codant pour la protéine de surface cellulaire enzyme 2 de conversion de l’angiotensine (ACE2), que le coronavirus utilise pour pénétrer dans les cellules des voies respiratoires. Les variations du gène de l’ACE2 qui modifient le récepteur pourraient rendre plus facile ou plus difficile l’entrée du virus dans les cellules, explique l’immunologiste Philip Murphy de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses, dont le laboratoire a identifié une mutation relativement courante dans une autre protéine de surface cellulaire humaine, CCR5, qui rend certaines personnes très résistantes au VIH.

Ganna est à la tête d’un effort majeur visant à mettre en commun les données génétiques des patients COVID-19 du monde entier. L’idée est « venue assez spontanément » il y a environ deux semaines, lorsque « tout le monde était assis devant son ordinateur et regardait cette crise », explique Ganna, qui est également affiliée au Broad Institute, une centrale génomique américaine.

Lui et le directeur du FIMM, Mark Daly, ont rapidement créé un site web pour leur projet, l’initiative COVID-19 sur la génétique hôte, et ont pris contact avec des collègues qui mènent de vastes études de biobanques qui suivent des milliers de volontaires pendant des années à la recherche de liens entre leur ADN et leur santé. Au moins une douzaine de biobanques, principalement en Europe et aux États-Unis, ont manifesté leur intérêt à fournir des données COVID-19 aux participants qui ont accepté. Parmi elles, FinnGen, qui possède des échantillons d’ADN et des données sur la santé de 5 % des 5 millions de Finlandais, et la biobanque de l’école de médecine Icahn du Mont Sinaï, qui compte 50 000 participants.

La biobanque britannique, l’une des plus importantes au monde avec des données d’ADN pour 500 000 participants, prévoit également d’ajouter les données de santé COVID-19 des participants à son ensemble de données, le projet a été tweeté ce mois-ci. Et la société islandaise deCODE Genetics, qui aide à tester une grande partie de la population du pays pour voir qui est infecté par le nouveau coronavirus, a reçu l’autorisation du gouvernement d’ajouter ces données et tout symptôme COVID-19 ultérieur à sa base de données, qui contient des données sur le génome et la santé de la moitié des 364 000 habitants de l’Islande, déclare son PDG Kári Stefánsson. « Nous ferons de notre mieux pour contribuer à la découverte de ces données », a déclaré Kári Stefánsson.

Un autre effort pour identifier les variantes d’ADN protectrices ou de susceptibilité est le projet de génome personnel dirigé par l’église George de l’université de Harvard, qui recrute des personnes désireuses de partager leur génome complet, des échantillons de tissus et des données de santé pour la recherche. Au début de ce mois, elle a envoyé des questionnaires à ses milliers de participants, leur demandant leur statut COVID-19. Plus de 600 personnes aux États-Unis ont répondu dans les 48 heures. « Il semble que la plupart des gens veulent faire leur part », dit Church, dont le groupe ne fait pas encore partie de la collaboration de Ganna.

D’autres chercheurs travaillant avec l’initiative de Ganna recrutent des patients COVID-19 directement dans les hôpitaux pour de telles études génomiques. La généticienne italienne Alessandra Renieri, de l’université de Sienne, s’attend à ce qu’au moins 11 hôpitaux du pays donnent leur approbation éthique pour que son équipe puisse collecter des échantillons d’ADN auprès de patients volontaires. « Je pense que les différences génétiques [de l’hôte] sont un facteur clé … pour la susceptibilité à une pneumonie aiguë sévère », déclare Mme Renieri.

Le chercheur en pédiatrie Jean-Laurent Casanova, de l’université Rockefeller, qui se spécialise dans l’identification de gènes rares pouvant rendre des jeunes gens en bonne santé sensibles à certaines maladies graves, s’appuie sur un réseau de pédiatres dans le monde entier pour rechercher les jeunes gens qui développent une COVID-19 suffisamment grave pour être admis en soins intensifs. « Nous étudions exclusivement des patients qui étaient auparavant en bonne santé » et qui ont moins de 50 ans, car leur grave maladie COVID-19 est plus susceptible d’avoir une base génétique, explique-t-il.

En plus des variantes génétiques du récepteur ACE2, les scientifiques veulent voir si les différences dans les gènes de l’antigène des leucocytes humains, qui influencent la réponse du système immunitaire aux virus et aux bactéries, affectent la gravité de la maladie. Et certains chercheurs veulent donner suite à une découverte, qu’une équipe chinoise a rapportée dans une préimpression : que les personnes ayant un sang de type O peuvent être protégées du virus. « Nous essayons de savoir si ces conclusions sont solides », explique Manuel Rivas, généticien humain de l’université de Stanford, qui contribue à l’initiative de Ganna.

La propagation catastrophique du coronavirus devrait bientôt augmenter le nombre de patients COVID-19 disponibles pour ces chasses au gène. Et cela pourrait accélérer les découvertes. Ganna s’attend à ce que les premiers gènes de susceptibilité soient identifiés d’ici quelques mois.

Via Science

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