Le Covid-19 se répand trop vite pour la recherche traditionnelle des contacts. Les nouveaux outils numériques pourraient aider

Toute stratégie de diffusion du Covid-19 sur la vie quotidienne commence par l’identification des cas et la recherche de leurs contacts – la tâche laborieuse des agents de santé publique qui recherchent les personnes ayant croisé le chemin d’un patient nouvellement diagnostiqué, afin qu’elles puissent être mises en quarantaine bien avant qu’elles ne présentent des symptômes.

Cela prend généralement trois jours par nouveau cas, un obstacle insurmontable aux États-Unis, où le nombre d’agents de santé publique est faible et où des dizaines de milliers de nouveaux cas apparaissent chaque jour. Cependant, les outils numériques existants, qui utilisent les données de localisation des téléphones portables et une application pour l’auto-déclaration des résultats positifs des tests, pourraient rendre l’impossible possible, affirment les auteurs d’une nouvelle analyse.

« Les procédures traditionnelles de recherche manuelle des contacts ne sont pas assez rapides pour le nouveau coronavirus », écrivent des chercheurs de l’université d’Oxford dans un article publié cette semaine dans la revue Science. Mais la technologie numérique « peut rendre la recherche des contacts et la notification instantanée ».

L’idée de la « technologie à la rescousse » a pris de l’ampleur à mesure que la pandémie de coronavirus a dépassé tout ce que l’Europe et les États-Unis lui ont lancé, et non pas à cause d’une croyance erronée selon laquelle la technologie numérique peut résoudre tous les problèmes du monde. Au contraire, cette solution vise à résoudre un problème très spécifique : identifier les cas de Covid-19 et retrouver rapidement tous ceux qui sont entrés en contact avec eux avant qu’ils n’infectent d’autres personnes. Cela a permis à des pays comme la Corée du Sud, Taïwan et Singapour de vaincre l’épidémie, parfois par des mesures qui bafouent la vie privée.

« Nous avons la preuve que cela fonctionne », a déclaré l’épidémiologiste informatique Maia Majumder de l’hôpital pour enfants de Boston, en faisant référence à la recherche des contacts et à l’isolement des cas. « Le consensus en matière de santé publique est clair : c’est ce que nous devons faire ».

Les États-Unis et l’Europe n’ont cependant guère tenté de rechercher des contacts. Elle nécessite une armée de travailleurs de la santé publique ou des politiques intrusives auxquelles beaucoup de leurs citoyens s’opposent. Mais cette semaine, des efforts ont été faits pour contourner ces deux obstacles.

L’un des efforts les plus visibles est mené par Trevor Bedford, modélisateur de maladies infectieuses et expert en génomique au Centre de recherche sur le cancer Fred Hutchinson à Seattle. Cette semaine, lui et ses collègues ont lancé « NextTrace« , un projet basé sur le fait que la recherche traditionnelle des contacts ne s’étend pas : Avec plus de 200 000 cas aux États-Unis, et chaque cas nécessitant des heures de suivi détaillé, le recours à des méthodes analogiques ne fonctionnera pas.

« Une grande partie de la transmission de ce virus, peut-être 15% du total des cas, se fait par des personnes qui ne se sentent pas malades », a déclaré la biologiste mathématique Lauren Ancel Meyers de l’Université du Texas à Austin, qui conseille NextTrace. « La maladie se propage si rapidement, en quatre jours seulement, entre le moment où une personne présente des symptômes et celui où les personnes qu’elle infecte en présentent. Il faudrait donc un effort héroïque et une quarantaine et un isolement très rapides pour identifier, par des méthodes traditionnelles, chaque personne infectée, chaque personne qu’elle contacte et tous ceux qu’elle contacte ».

NextTrace prévoit donc de mettre en place un système de signalement décentralisé dans lequel toute personne dont le Covid-19 est confirmé peut choisir de s’inscrire, de manière anonyme, sur une plateforme en ligne. La plateforme utilisera les données de localisation et de proximité des téléphones portables, pour les personnes qui ont choisi de s’inscrire, afin de trouver les personnes qui pourraient avoir été exposées à ce cas et leur conseiller de se soumettre à un test. Le système établira un historique des contacts pour chaque cas.

Les personnes exposées peuvent être testées et, si elles sont infectées, isolées. Plus tôt cela se produit, plus la transmission diminue : Les gens excrétent le plus haut niveau de virus peu après l’apparition des symptômes, ont rapporté mercredi des scientifiques allemands dans la revue Nature.

Fondamentalement, le résultat positif du test de dépistage du coronavirus de la personne A déclencherait une notification instantanée, toujours via l’application, aux personnes qui ont été en contact étroit. La plateforme recommanderait l’isolement de cette personne et la mise en quarantaine de ses contacts. L’équipe NextTrace ne précise pas si l’information serait partagée avec les services de santé publique, ni dans quel délai elle pourrait être opérationnelle.

Comme cette approche peut « s’étendre massivement, elle pourrait affecter de manière significative une épidémie même après une transmission communautaire généralisée », a déclaré Meyers. Les informations sur le nombre de contacts exposés permettraient également de mieux cibler les politiques de confinement, avec un éloignement social plus ou moins important selon l’intensité de la propagation communautaire. « Je pense que le dépistage massif et la recherche des contacts pourraient être la clé pour alléger les mesures de distanciation sociale. Mais il faudra être très agressif ».

Les nouvelles recherches de l’équipe d’Oxford, dirigée par Christophe Fraser, montrent comment y parvenir : La vitesse peut se substituer à l’efficacité. Si la recherche manuelle des contacts prend trois jours, il est pratiquement impossible de faire baisser le taux de reproduction d’une maladie – le nombre de cas que chaque patient provoque – suffisamment pour arrêter une épidémie. (Le taux de reproduction, R, doit être inférieur à 1 pour que cela se produise.) Si cela prend deux jours, il faudrait alors trouver et isoler environ 80 % des cas, et mettre en quarantaine 80 % des contacts de ces derniers.

Mais avec le traçage instantané promis par la technologie numérique, a déclaré Luca Ferretti, d’Oxford, expert en dynamique des agents pathogènes et premier auteur de l’article de Science, seuls 60% des cas devraient être isolés et 60% des contacts tracés – et peut-être aussi peu que 50% et 40%, respectivement.

Même ces taux relativement faibles, selon lui et ses collègues, « pourraient ramener le R en dessous de 1 et donc contrôler efficacement l’épidémie ». Et ils peuvent le faire plus rapidement que les commandes de confinement à domicile, les fermetures d’entreprises et autres mesures de distanciation sociale actuelles, et empêcher une résurgence de Covid-19 après la disparition de la pandémie actuelle – sans réimposer des politiques de distanciation sociale économiquement paralysantes.

Selon les chercheurs de NextTrace et d’Oxford, les gens devraient avoir le droit de participer ou non. Cependant, si le taux de participation est trop faible, le système de traçage numérique instantané ne permettra pas de trouver suffisamment de contacts pour arrêter une épidémie.

Une plateforme similaire pourrait servir de système d’alerte précoce pour la prochaine épidémie de Covid-19, qui pourrait bien revenir plus tard cette année même si elle s’estompe en été. Avec moins de cas, le niveau de dépistage de Covid-19 sera probablement encore plus bas qu’aujourd’hui. Cela risque de placer les États-Unis exactement là où ils étaient cet hiver : le Covid-19 a déjà été semé dans quelques villes et s’est propagé sans être détecté jusqu’à ce qu’il soit trop tard.

« Nous aimerions identifier les régions où les tests pourraient ne pas être effectués et les porter à l’attention des autorités sanitaires », a déclaré Olivier Elemento de Weill Cornell Medicine, qui, avant l’épidémie de coronavirus, utilisait de grandes données pour la médecine de précision. « La recherche traditionnelle des contacts est difficile à faire aux États-Unis, mais nous pensons que nous pouvons utiliser la technologie pour identifier les points chauds avant même qu’il y ait des cas confirmés et alerter leurs contacts ».

Grâce à un outil que lui et ses collègues ont construit, les gens peuvent signaler de manière anonyme leurs symptômes (toux sèche, fatigue, fièvre et autres) et leur lieu de résidence. Il ne recueille pas les adresses IP et ne suit pas les utilisateurs d’une autre manière. « Mais si nous identifions de nouveaux groupes, nous en informerons les États, les comtés et les villes », a déclaré M. Elemento, « afin qu’ils puissent multiplier les tests dans ces zones, mettre en place une distanciation sociale plus stricte et alerter les hôpitaux locaux d’une éventuelle augmentation du nombre de patients ». Un groupe de l’hôpital pour enfants de Boston et de Harvard développe un outil similaire, tout comme celui de l’université de l’Alabama à Birmingham.

« Ces mesures d’éloignement physique, ces mesures de maintien à domicile, nous ont permis de gagner un peu de temps », a déclaré lundi aux journalistes Maria Van Kerkhove, de l’Organisation mondiale de la santé. « [Il] doit être utilisé de manière appropriée afin que nous mettions en place des systèmes permettant de rechercher ce virus de manière agressive par des tests, par l’isolement, par la recherche de contacts, par la mise en quarantaine de ces contacts ».

Via Statnews

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