La recherche scientifique sur le coronavirus est lancée en torrent

Cela changera-t-il la façon dont la science est publiée ? demande The Economist.

Les augmentations exponentielles sont une caractéristique des pandémies. La propagation du SRAS-CoV-2 dans le monde entier a suivi inexorablement une telle courbe. Mais il en va de même pour les efforts de recherche visant à comprendre et à contrôler le virus. Plus de 7 000 articles sur la pandémie – couvrant tous les domaines, de la virologie à l’épidémiologie – ont été publiés au cours des trois derniers mois(voir graphique). Un cinquième d’entre eux ont été publiés au cours de la seule semaine dernière.

C’est étonnamment rapide. Les chercheurs mettent généralement des années à concevoir des expériences, à collecter des données et à vérifier les résultats. Les revues scientifiques, les gardiens autoproclamés du portail entre ces chercheurs et le reste du monde, peuvent facilement prendre six mois, souvent un an, pour parcourir les différentes étapes de leur procédure, y compris la rédaction et le processus de vérification par des experts extérieurs anonymes, connu sous le nom d’examen par les pairs(peer review).

L’urgence actuelle en matière de santé publique a cependant fait exploser tout cela. Les médecins, les décideurs politiques et les premiers ministres ayant tous besoin des connaissances scientifiques les plus récentes pour prendre des décisions immédiates de vie ou de mort, la rapidité est devenue primordiale. Les revues ont réagi à la forte augmentation du nombre de soumissions en faisant des heures supplémentaires. Ce faisant, ils ont réduit leurs processus habituels à quelques jours ou semaines.

Se dépêcher

Pour beaucoup, cependant, cela ne suffit pas. Ces personnes sont favorables à un autre mode de diffusion de l’information scientifique, qui détrône les revues en faisant de la publication de ces dernières une option supplémentaire plutôt que l’objectif premier du chercheur. Ce modèle de publication scientifique repose sur des dépôts en ligne appelés serveurs de préimpression, sur lesquels les articles peuvent être publiés rapidement et avec un minimum de formalités. Les mathématiciens et les physiciens les utilisent déjà largement. Les biologistes le font aussi de plus en plus. Le Covid-19 a cependant connu un changement radical. Environ la moitié des travaux scientifiques disponibles sur la pandémie ont été diffusés par l’intermédiaire de serveurs de préimpression. Les partisans de la préimpression espèrent que cela rendra irréversible le passage à leur utilisation.

La rapidité est une bonne chose en cas d’urgence de santé publique. Le génome du SRAS-CoV-2 a été publié par des scientifiques chinois sur un dépôt de données génomiques public, une bête semblable à un serveur de préimpression, quelques jours seulement après l’isolement du virus. Cela a permis la création rapide de tests pour détecter les infections chez les personnes présentant des symptômes suspects. Et le sérieux avec lequel de nombreuses régions du monde ont traité le nouveau virus a été renforcé par les premiers rapports qui suggéraient que le taux de mortalité des cas examinés était beaucoup plus élevé que celui de la grippe.

Cette rapidité accrue montre que les scientifiques ont tiré les leçons de leur lenteur à réagir aux précédentes épidémies. Dans une analyse des recherches menées pendant et après les épidémies d’Ebola de 2014-16 et de Zika de 2015-16, Marc Lipsitch, un épidémiologiste de Harvard qui travaille maintenant sur le covid-19, a examiné la lenteur de ces réponses. Il a constaté que, lorsque des préimpressions étaient disponibles, elles apparaissaient environ 100 jours avant les articles de journaux qui avaient finalement été publiés sur le même travail. Malheureusement, moins de 5 % de tous les articles de journaux publiés sur les deux foyers avaient été préimprimés.

Le Dr Lipsitch a recommandé que les préimpressions constituent une partie plus importante d’un « écosystème » d’information plus rapide lors des futures urgences. Et son souhait, semble-t-il, a été exaucé. Les deux principaux serveurs de préimpression pour covid-19 sont bioRxiv, mis en place en 2013, et medRxiv, lancé en 2019, tous deux gérés par le Cold Spring Harbor Laboratory dans l’État de New York.

(Le « x » dans les noms représente la lettre grecque « chi », ce qui les rend prononçables comme « bioarchive » et « medarchive »).

 

  • BioRxiv est destiné aux sciences biologiques générales et aux sciences connexes.
  • MedRxiv est axé sur la santé et la médecine.

Au moment où The Economist mettait sous presse, les deux serveurs présentaient, à eux deux, 2 853 articles sur le SRAS-CoV-2 ou covid-19. 799 autres articles avaient été publiés sur arXiv – à 29 ans, le grand-père des serveurs de préimpression – qui appartient à l’université de Cornell et est spécialisé dans les mathématiques et les sciences physiques.

https://arxiv.org/

Tout le monde peut soumettre un manuscrit à l’un de ces serveurs et le voir mis à la disposition du monde entier en quelques heures. Les manuscrits sont soumis à un contrôle rapide, afin de s’assurer qu’ils comportent les parties attendues d’un article scientifique, à savoir un résumé et des sections décrivant les méthodes et les résultats. Si le sujet est controversé, les vérificateurs peuvent signaler des affirmations farfelues. Mais au-delà de cela, ils n’essaient pas d’examiner le contenu scientifique du document. Une fois qu’une préimpression est en ligne, toute personne ayant accès à Internet peut la lire et, si elle le souhaite, laisser des commentaires détaillés.

Vite fait et bien fait ?

Ce processus – essentiellement une version libre de l’examen par les pairs – peut être brutal. Mais il fonctionne souvent. Les théories de conspiration selon lesquelles le SRAS-CoV-2 serait une création artificielle en laboratoire ont été alimentées par une prépublication postée sur bioRxiv en janvier, par des scientifiques indiens. Cette prépublication faisait état de similitudes « étranges » entre les séquences génétiques du CoV-2 du SRAS et du VIH, la cause du sida. L’étude a cependant été mise en pièces dès son apparition par d’autres chercheurs qui ont pesé le pour et le contre et ont souligné de sérieuses failles méthodologiques. En conséquence, le manuscrit a été retiré.

Cet incident met toutefois en évidence une critique répétée de l’affichage avant impression, à savoir que des documents douteux peuvent être utilisés à mauvais escient, accidentellement ou délibérément, par des patients trop zélés, des politiciens, des journalistes ou tout simplement des fauteurs de troubles. Il s’agit certainement d’un risque. Mais, de l’avis de beaucoup, ce risque ne l’emporte pas sur l’avantage de la circulation libre et rapide de l’information entre chercheurs que procure la préimpression.

Pour ceux qui remettent en question la qualité de la science contenue dans les prépublications, une étude récente menée par des chercheurs au Brésil (elle-même publiée sous forme de prépublications), dans laquelle les auteurs ont utilisé un questionnaire pour évaluer la qualité des prépublications sur bioRxiv, ainsi que les versions ultérieures de ces articles dans des revues à comité de lecture, rassurent. Ils ont constaté que les articles de revue étaient effectivement de meilleure qualité. Mais la différence n’était, en moyenne, que de 5%.

En tout état de cause, l’examen par les pairs tel qu’il est organisé par les revues n’est pas parfait. Elle ne permet pas de relever toutes les erreurs ni d’éliminer toutes les mauvaises recherches. L’intérêt porté à l’hydroxychloroquine en tant que traitement potentiel du covid-19 a été, par exemple, en partie stimulé par un article examiné par des pairs dans l’International Journal of Antimicrobial Agents, publié le 20 mars par des scientifiques français. Cet article a maintenant des points d’interrogation sur sa rigueur et sa fiabilité.

De plus, même lorsqu’un article révisé par des pairs est retiré, le mal peut déjà avoir été fait. Le 9 mars, le South China Morning Post, un journal anglophone de Hong Kong, a publié un article sur les recherches rapportées dans Practical Preventive Medicine, une revue évaluée par des pairs, avec un titre qui disait « le coronavirus peut voyager deux fois plus loin que la distance de sécurité officielle ». Cet article a été diffusé plus de 53 000 fois sur les médias sociaux. Malheureusement, l’étude en question a été retirée le lendemain de la publication de l’article de journal. Le Post a immédiatement rapporté cette rétractation, mais ce rapport a été partagé moins de 1 000 fois.

La pandémie actuelle met en évidence d’autres limites de la manière dont l’examen par les pairs est généralement organisé. Elle fonctionne bien lorsqu’elle est confinée à un groupe restreint de spécialistes, mais se heurte à des problèmes lorsque différents domaines se côtoient. Comme l’observe Ivan Oransky, l’un des fondateurs de Retraction Watch, qui répertorie les mauvaises pratiques dans la recherche scientifique, « si vous deviez faire une étude sur l’impact de la distanciation sociale, par exemple, et que vous demandiez aux chercheurs en santé publique de se pencher uniquement sur cette question, il y a une chance raisonnable que vous excluiez presque, ou du moins que vous ne mettiez certainement pas l’accent sur la perturbation économique. Alors que si vous ne demandiez qu’aux économistes de l’examiner, vous réduiriez presque certainement l’importance des risques pour la santé ».

Les revues traditionnelles pourraient avoir du mal à analyser le large éventail de compromis sous différents angles dans une situation comme celle-ci. Les prépublications, dit le Dr Oransky, permettent à des experts de différents horizons de contribuer, publiquement et en parallèle, à une large critique d’un travail de recherche.

Comme l’observe Stuart Taylor, directeur de publication de la Royal Society, la plus grande académie scientifique de Grande-Bretagne, qui s’oriente vers une science plus ouverte, les prépublications et la diffusion plus rapide des résultats étaient en cours avant la pandémie de covid-19. Mais ces événements vont accentuer ces changements et probablement les rendre permanents. La communication scientifique semble être à un point d’inflexion. Comme beaucoup d’autres choses jusqu’à récemment considérées comme allant de soi, elle pourrait ne jamais redevenir ce qu’elle était avant l’apparition du SRAS-CoV-2.■

*Torrent : BitTorrent est un protocole de transfert de données pair à pair (P2P) à travers un réseau informatique.

Via The Economist.

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