D’où vient le COVID ? Cinq mystères qui demeurent

Alors que l’équipe internationale de l’OMS met la dernière note à un rapport sur ses conclusions, qui devrait être publié la semaine prochaine, Nature s’entretient avec quatre des enquêteurs sur ce qu’ils veulent encore savoir.

Nature Magazine revient sur ces informations qui nous manquent et pour lesquelles nous espérons des réponses : À la suite de l’enquête de l’Organisation mondiale de la santé, des questions essentielles subsistent quant au moment, au lieu et à la manière dont la pandémie a débuté :

Le virus circulait-il à Wuhan avant les premiers cas connus ?

Pour retracer l’origine du virus, il est essentiel de déterminer exactement quand les premiers cas sont apparus chez les humains. L’équipe de l’OMS a établi que la première personne connue pour être atteinte du COVID-19 était un employé de bureau de Wuhan, sans antécédents récents de voyage, qui a commencé à présenter des symptômes le 8 décembre 2019, explique Peter Ben Embarek, scientifique spécialiste de la sécurité alimentaire à l’OMS à Genève (Suisse), qui a dirigé l’enquête. Mais le virus s’est probablement propagé dans la ville avant cela, car il était bien établi à la fin du mois, dit-il.

Pourtant, les preuves d’une propagation antérieure se sont révélées difficiles à trouver. Des chercheurs chinois ont mené une vaste enquête sur les rapports de patients des hôpitaux de Wuhan effectués entre octobre et décembre 2019, et ont identifié moins de 100 personnes présentant des symptômes du COVID-19. Ils ont ensuite testé le sang de 67 de ces personnes à la recherche d’anticorps générés par une infection passée par le SRAS-CoV-2, mais n’en ont trouvé aucun. Cela suggère qu’il n’y a pas eu de grande grappe d’infections avant décembre, ou un pic inhabituel de décès dans la province voisine de Hubei.

Mais selon Ben Embarek, l’analyse devrait être répétée en utilisant des critères de symptômes moins restrictifs, afin de s’assurer que les chercheurs repèrent tous les cas potentiels de COVID-19.

Les scientifiques chinois devraient également rechercher des preuves d’une infection passée dans les quelque 200 000 échantillons archivés actuellement conservés au centre de transfusion de Wuhan et dans d’autres régions de Chine, explique Dominic Dwyer, membre de l’équipe, virologue médical au service de pathologie de la santé de la Nouvelle-Galles du Sud à Sydney, en Australie. Cela permettrait de savoir si le virus s’est propagé dans la population générale en Chine – et pas seulement parmi les personnes qui se sont rendues dans des établissements de santé – avant décembre 2019.

Certains scientifiques non impliqués dans l’enquête de l’OMS ont déjà examiné des échantillons de banques de sang prélevés jusqu’à un an avant la pandémie, à Guangzhou, dans le sud de la Chine. (Des parents proches du SRAS-CoV-2 ont été trouvés chez des chauves-souris et des pangolins dans le sud de la Chine). Certains des échantillons se sont révélés positifs aux anticorps contre le SRAS-CoV-2, mais Ian Lipkin, chercheur en maladies infectieuses à l’université Columbia de New York, qui a travaillé sur l’analyse, affirme que le test n’était pas suffisamment spécifique pour affirmer avec certitude que les anticorps n’étaient pas dus à une infection par d’autres virus. « Il y a beaucoup de travail de laboratoire qui doit être fait et qui n’a pas été fait », dit Lipkin, qui veut aussi savoir s’il y a des échantillons d’autopsie d’avant décembre 2019 qui pourraient être étudiés pour des traces de matériel génétique viral.

Le virus s’est-il propagé chez des personnes hors de Chine avant décembre 2019 ?

Répondre à cette question est également essentiel pour établir la chronologie des premiers cas de COVID-19. Auparavant, des chercheurs en Europe ont signalé (1,2,3 ) avoir trouvé des anticorps contre le SRAS-CoV-2 dans des échantillons prélevés dans des banques de sang à partir de novembre 2019.

Ben Embarek affirme que cela ne suggère pas nécessairement que le virus est originaire d’Europe, mais soutient l’idée qu’il se propageait à Wuhan avant les premiers cas connus. « Wuhan était à l’époque une ville internationale très bien connectée, avec des vols directs vers la planète entière tous les jours. Donc, si le virus circulait à Wuhan, il aurait pu facilement être transporté dans d’autres parties du monde par des voyageurs, et circuler à nouveau, sans être détecté, dans différentes régions », explique-t-il.

Il recommande néanmoins que les échantillons de sang provenant d’Europe soient analysés à nouveau pour confirmer qu’il s’agit bien de cas de COVID-19. Certains d’entre eux, provenant d’Italie et de France, sont déjà en cours de réanalyse, dit-il.

Quel a été le rôle du marché de Huanan ?

L’animal intermédiaire qui a transmis le virus de la chauve-souris à l’homme n’a pas été identifié, mais les chercheurs pensent qu’il pourrait s’agir d’une espèce sauvage vendue comme nourriture sur les « marchés humides », qui vendent généralement des animaux vivants. Au début de la pandémie, les enquêteurs se sont concentrés sur le Huanan Seafood Market de Wuhan, parce qu’il vendait des animaux frais et congelés et que bon nombre des premières infections concernaient des personnes qui s’y étaient rendues. Mais la piste s’est refroidie lorsque d’autres cas précoces ont été découverts, qui n’étaient pas associés au marché. Du matériel viral a été identifié dans les égouts et les eaux usées du marché, mais aucun n’a été trouvé sur les carcasses d’animaux.

Pourtant, le marché est le seul endroit où un grand nombre des personnes infectées au début de l’épidémie ont été exposées à la viande et aux animaux. Il est important de déterminer comment le virus est entré sur le marché et s’il se trouvait sur un animal, explique Hung Nguyen-Viet, membre de l’équipe de l’OMS et chercheur en environnement et en sécurité alimentaire à l’Institut international de recherche sur le bétail de Nairobi.

Selon M. Nguyen-Viet, l’équipe a identifié dix étals vendant des animaux sauvages ou d’élevage, qui auraient pu transporter le virus sur le marché depuis des fermes du sud de la Chine. Certains animaux sauvages vendus pour la viande, comme les lapins et les furets, sont sensibles au SRAS-CoV-2 ou au virus apparenté qui provoque le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS).

Peter Daszak, membre de l’équipe de l’OMS et président de l’organisation de recherche à but non lucratif Ecohealth Alliance à New York, estime qu’il faut enquêter sur les fermes pour voir si les animaux ou les travailleurs ont été infectés. Il souhaite également savoir quels animaux ont été vendus sur d’autres marchés de Wuhan. Lorsque l’équipe a interrogé la première personne connue pour avoir le COVID-19, elle a mentionné que ses parents s’étaient rendus sur un marché communautaire humide local, explique M. Daszak.

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Le virus circulait-il chez les animaux en Chine avant la pandémie ?

Pour établir quel animal a transmis le virus à l’homme, les chercheurs doivent trouver des preuves de la présence du virus dans cette espèce. Des chercheurs chinois ont testé quelque 30 000 animaux sauvages, d’élevage et domestiques en 2019 et 2020, mais n’ont trouvé aucune preuve d’une infection active ou passée par le SRAS-CoV-2, sauf chez certains chats à Wuhan en mars 20205.

Cependant, Ben Embarek affirme que ces enquêtes n’étaient pas représentatives de la population animale globale de la Chine et que beaucoup plus d’animaux doivent être testés pour détecter des traces d’infection, en particulier dans les élevages d’animaux sauvages. « La quantité de tests effectués n’est pas suffisante pour affirmer, de quelque manière que ce soit, que les fermes d’élevage d’animaux sauvages n’étaient pas porteuses du virus », déclare M. Daszak.

Selon M. Daszak, l’explosion de l’épidémie à Wuhan en décembre suggère que le virus a probablement été introduit une fois, par le biais du commerce d’animaux sauvages. Selon lui, les tests futurs devraient se concentrer sur les animaux sauvages d’élevage.

 

Via Nature Magazine

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